Enligt en teori som lagts fram vilar utgångspunkten för den moderna djupa staten på de underrättelse- och väpnade operationsorganisationer som skapades i Natos medlemsländer under kalla kriget och som förvaltas och finansieras av CIA. Det påstås att denna organisation verkar i Turkiet under namnet kontragerilla. År 1974 var den förste statsmannen som stödde detta påstående förre premiärministern Bülent Ecevit. Enligt en annan teori går den djupa statens rötter tillbaka till Teşkilat-ı Mahsusa, en hemlig underrättelse- och militäroperationsorganisation som grundades av Unionen och Progress- administrationen under de sista åren av det osmanska riket. Bland dem som stöder detta påstående är president Recep Tayyip Erdogan.

Efter mordet på AGOS-tidningens chefredaktör Hrant Dink , sa premiärminister Recep Tayyip Erdoğan följande ord i programmet İskele Sancak , som sändes på Channel 7 den 26 januari 2007 :

" Det finns inget sådant som att jag inte håller med om den Djupa Statens existens, men jag håller inte med, varför inte. Det har han alltid varit på så vis. Det är inte något som började under den turkiska republiken. Hela vägen från det osmanska riket har det varit på så vis . Det är något från traditionen. Men det är därför nödvändigt att minimera det, att förstöra det om möjligt, för att uppnå det„

Erdoğan fortsatte sina uttalanden om den djupa staten, som han beskrev som " institutionella gäng" :

" Det finns en sådan struktur. Eftersom sådana samband inte har behandlats förrän nu, har vi betalat priset både som nation och som stat. Vi kan gå så långt som till en viss plats. Den verkställande makten, den lagstiftande makten och den rättsliga makten bör gå tillsammans om dessa händelser . De parlamentariska utredningskommissionerna ger inga resultat. Steget vi tog i Trabzon är det steget. Avskedandet av landshövdingen och polischefen och utsändande fastighetsinspektörer är ett försök att etablera infrastrukturen för detta arbete. Vilken typ av korrespondens som ägde rum tidigare, om det förekom ett ingripande kommer att kontrolleras. Den kan hoppa med en annan. Resultatet i Şemdinli kanske inte tillfredsställde alla. Efter Semdinli hände en hel del händelser. Bastu , AtabeyGänget är ute. Gängkopplingarna inom institutionerna bör det fokuseras på.