Operation Stella Polaris planerades under sommaren 1944, när det började bli uppenbart att Finland skulle förlora kriget, och det bedömdes att Sovjetunionen skulle kunna ockupera Finland. En av avsikterna från finländskt håll var att kunna etablera finländsk militär signalspaning på svensk mark åt en möjlig finländsk exilregering.

Den 22 september 1944 överflyttades en mycket stor del av den finländska signalspaningen till Sverige. Operation Stella Polaris kom att bli betydelsefull för uppbyggnaden av det svenska Försvarets radioanstalt (FRA). Från svensk sida var det majoren Carl Petersén, chef för försvarsstabens underrättelsetjänst (C-byrån), som ansvarade för operationen. Ungefär 750 personer transporterades genom Finland och med tre fartyg över Bottenviken mellan Närpes och Härnösand och ett fartyg mellan Nystad och Gävle. Fartygen var också lastade med packlådor med arkiv och signalspaningsutrustning.

Eftersom Sovjetunionen inte annekterade Finland efter Mellanfreden i Moskva den 19 september 1944, återvände majoriteten av den finländska personalen med familjer hem, utom de som anställdes av FRA, runt årsskiftet 1944/45. De fick på egen hand ta sig över gränsen vid Torne älv i smyg. Sverige erbjöds att överta utrustning och vissa handlingar. FRA fick på så sätt tillgång till teknisk utrustning och sju arkivlådor, vilket blev en viktig grund för det nystartade FRA:s verksamhet. Operationsledaren sålde också mikrofilmat material till Japan, USA och andra länder.

Från oktober 1944 sorterades underrättelsematerialet i källaren till Hotel Aston i Stockholm. Därefter fraktades det iväg av FRA. Stora delar av materialet förvarades sedan av Carl C:son Bonde på Hörningsholms slott och 29 lådor av Svante Påhlson på Rottneros från 20 mars 1945. Sju lådor för Sverige intressant material hade tidigare lämnats till Försvarets Radioanstalt. Det i Sverige lämnade originalmaterialet kom i december 1960 att brännas på Lövsta sopstation i Stockholm, även det som då tillhörde FRA. Detta skedde efter ett irreguljärt ingripande av den pensionerade svenske generalen, och tidigare chefen för armén, Carl August Ehrensvärd. Denne hade vid tidpunkten för Operation Stella Polaris varit försvarsstabschef.

De finländare som var inblandade i Operation Stella Polaris förföljdes och arresterades efter återkomsten av den kommunistdominerade finländska Statspolisen (säkerhetspolisen, den så kallade Röda Stapo). Inte förrän i början av 1950-talet förklarade Finlands justiekansler att de som deltagit i Operation Stella Polaris inte var aktuella att anklaga för krigsförbrytelse.

Detta material var också med stor sannolikhet det som räddade familjen Wallenberg från att själva bli åtalde i efterkrigstiden, de räddades ju som bekant mer av uppkomsten av det kalla kriget än sin förbättrade affärsmoral enligt amerikanska rättsinstander.