Pakistans kärnvapenprov 1998 och militärkuppen 1999 medförde dock en nedgång i de bilaterala kontakterna under några år. Sedan den civila kontrollen över regeringsmakten återställdes 2008 har relationerna åter stärkts.

Sverige har sedan många år ett direkt humanitärt stöd till Pakistan. Bidragen distribueras via FN-organ och enskilda organisationer och går framförallt till internflyktingar i provinsen KP och f.d. FATA, livsmedels­försörjning samt stöd till offer för naturkatastrofer. Därutöver ger Sverige kärnstöd till ett stort antal FN-organ med verksamhet i bland annat Pakistan. Sidas utvecklings­samarbete med Pakistan fasades ut år 2013.

Ett stort antal pakistanska studenter genomgår högre akademisk utbildning i Sverige. Ett flertal pakistanier deltar även i program arrangerade av Svenska Institutet. År 2016 etablerades för första gången ett formaliserat alumni-nätverk för pakistanier som deltagit i olika utbildningsprogram i Sverige.

Handelsutbytet har ökat något på senare år mellan Sverige och Pakistan. Sveriges export består främst av verkstadsprodukter och pappersprodukter, medan importen framför allt utgörs av kläder och textilier. Ett antal svenska företag finns representerade i Pakistan, varav några har tillverkning i landet. Under 2016 etablerades Swedish Business Council in Pakistan, det första intresseorganet för svenska företag representerade i landet.

Dåvarande utrikesminister Carl Bildt besökte landet i mars 2012. Under 2014 besökte dåvarande talman Per Westerberg Pakistan och tog samma år emot ett svarsbesök från talmannen för Pakistans senat.

Att ABB och Ericsson är på plats behöver väl knappast utvecklas...