När Spanien ockuperade staden 1614–1629 ruinerades Minuit och omkring åren 1623–1624 flyttade han till Amsterdam där han 1625 fick anställning i Västindiska kompaniet genom kontakter inom hustruns familj.

Kompaniet valde ut honom till att styra över den holländska kolonin Nya Nederland och den 9 januari 1626 påbörjade han sin resa till Amerika dit han ankom fyra månader senare. Den 24 maj köpte han nuvarande Manhattan av indianerna för glaspärlor till ett värde av 24 dollar. På Manhattan började han uppföra 'Nya Amsterdam', han organiserade pälshandeln mellan indianerna och Västindiska kompaniet samt ledde den fortsatta kolonisationen av området. (Nya Amsterdam blev cirka 40 år senare erövrad av engelsmännen och den engelska kungen Karl II döpte om Nya Amsterdam till New York efter sin bror Jakob som var hertig av York.)

Rika holländare kunde få ensam förfoganderätt av den mark de inmutat – under förutsättning att de tog på sig att hålla minst 50 personer där. Minuit kom snart i kläm mellan kompaniet och dessa rika kolonisatörer när de sistnämnda ville göra på andra sätt än vad kompaniet ville. På grund av tvisten kallades Minuit hem till Amsterdam där han fick sparken 1632.

År 1635 planerade han tillsammans med Samuel Blommaert att grunda en svensk koloni. Första tiden var inte platsen för kolonin bestämd, det var till sist Minuits erfarenhet från Nya Nederland som fick avgöra orten. De presenterade planen för Axel Oxenstierna och på våren 1637 redogjorde de sina planer för rådet i Stockholm vilka gav sitt medgivande.

Minuit deltog energiskt i organiseringen av den första expeditionen och i november 1637 avseglade han från Göteborg med skeppen 'Kalmar Nyckel' och 'Fågel Grip' som expeditionens ledare. I mars 1638 landsteg han vid Delawarebukten som Nya Sveriges första guvernör.

De första sakerna han skulle göra på den nya platsen var att köpa land av indianerna, sätta upp svenska gränsmärken och bygga ett fort (Fort Christina). Så fort detta var klart skulle rapport avläggas hem till Sverige. Kalmar Nyckel skulle segla hem till Sverige med rapporten men först skulle skeppet ankra upp vid Sankt Christopher i Västindien för att där köpa upp tobak. Minuit som var med på skeppet blev överbjuden som gäst på ett holländskt skepp som låg på redden. En storm blåste hastigt upp och skeppet vräktes ut på havet där det – med Minuit ombord - försvann för alltid.